Identifier les variétés de pommes de terre grâce à leur empreinte génétique ?
La méthode d’identification variétale des pommes de terre a été développée par la FN3PT/inov3PT.
La procédure est utilisée depuis le début des années 2000 pour les analyses officielles en laboratoire dans le cadre de la certification des plants de pomme de terre.
Cette vidéo présente la méthode utilisée actuellement (avantages, contraintes), le réseau de laboratoires utilisateurs et l’évolution technique de cette méthode qui a été possible grâce au projet
IdEvol : Evolution technologique pour l’identification des variétés de pommes de terre par marqueurs microsatellites en appui à la certification des plants.
Pour identifier une variété, les techniques de laboratoire (photo 1) sont particulièrement efficaces. En effet, l’ADN de chaque variété contient des motifs spécifiques que l’on peut utiliser pour générer un profil analogue à un code-barres (photo 2).
La procédure est fondée sur l’analyse de portions de l’ADN appelées marqueurs microsatellites. Ils correspondent à de petites séquences répétées dont le nombre est spécifique de chaque variété.
Après avoir extrait l’ADN à partir de feuilles, de tubercules, de vitro-plants, les marqueurs sont amplifiés au laboratoire puis révélés.
L’empreinte obtenue est ensuite comparée à celles stockées dans une base de données appelée IdeAle.
Photo 1. Il s'agit d'une méthode de laboratoire (©inov3PT).
Photo 2. Exemple de profil d'un marqueur microsatellite. (©inov3PT).
Pour quoi faire ?
Photo 3. Les profils viennent en complément des inspections visuelles et du champ de conformité des souches (©inov3PT).
Photo 4. L’identification variétale permet de vérifier les collections maintenues in vitro (©inov3PT).
Les usages de la méthode peuvent être différents :
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Décrire puis valider le matériel de départ pour la production de plants de pomme de terre
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Vérifier les premières étapes de la multiplication végétative, en complément des inspections visuelles et du champ de conformité des souches (photo 3)
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Sécuriser/Etablir le profil génétique des nouvelles variétés issues des stations de création variétale
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Tester des lots de consommation
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Contrôler des collections variétales comme celle du Centre de Ressources Biologiques BrACySol géré par INRAE (photo 4)
Chaque année environ 3600 échantillons sont analysés dans le réseau, 90% le sont dans le cadre des analyses réalisées sur la production de plants de pomme de terre.
Un réseau de laboratoires coordonné par la FN3PT/inov3PT
Les laboratoires partenaires sont :
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Les laboratoires des Organisations de Producteurs de Plants (contrôle et certification des plants)
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Bretagne Plants
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Comité Nord
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Comité Centre et Sud
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Le Service Commun des laboratoires (tests des lots de consommation)
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Le laboratoire INRAE/UMR Igepp (contrôle du CRB BrACySol).
Le laboratoire suisse d’Agroscope est également associé au réseau.
Les membres du réseau utilisent la même méthode et partagent les informations au travers de la base de données IdeAle. Le développement de la méthode a été fait par la FN3PT/inov3PT et la procédure est utilisée depuis 2017 pour les analyses officielles en laboratoire dans le cadre de la certification des plants de pomme de terre. Dix essais interlaboratoires ont été organisés depuis 2003 sous l’égide du SOC (devenu DQCO). Ils consistent à identifier des lots de tubercule anonymisés à partir de leur empreinte génétique (photo 5). Ils valident la puissance de la méthode, l’expertise des laboratoires et le contenu de la base de données.
Photo 5. L’identification variétale permet de vérifier les collections maintenues in vitro (©inov3PT).
IdeAle permet de faciliter la circulation de l’information au sein du réseau
Il s’agit d’une plateforme internet dont l’accès se fait en mode sécurisé par identifiant et mot de passe. Le système permet de gérer simultanément des données confidentielles et des données communes. La cohérence des données mises à la disposition de tous est vérifiée par le super-administrateur. Les données sont donc mises à jour en temps réel et pour toute la communauté des utilisateurs simultanément.
Notre base de données contient les profils de près de 2200 variétés et 900 hybrides ou génotypes sous numéro.
Elle a été développée par la FN3PT/inov3PT ; en collaboration avec et pour les Organisations Professionnelles régionales (OP) du secteur dans le cadre d’un projet conduit avec le soutien du Ministère de l’Agriculture entre fin 2008 et 2012. Le projet associait également INRAE, le Service commun des Laboratoires, le Gnis/SOC (désormais Semae/DQCO) & le Geves (Marhadour, Dargier et al. 2014).
Coordonnées des laboratoires du réseau
Laboratoires
Coordonnées
Comité Nord Plants
Rue des Champs Potez
F-62217 ACHICOURT
https://www.comitenordplant.net/
SCL
369 rue Jules Guesdes
59651 Villeneuve d’Ascq
https://www.economie.gouv.fr/dgccrf/Le-service-commun-des-laboratoires-DGDDI-et-DGCCRF
Pour aller plus loin
Note d'application présentant la nouvelle méthode développée dans le cadre du projet IdEvol, disponible ici
Résumé du projet IdEvol, disponible ici
Posters et supports de présentations en téléchargement :
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Méar A, et al. (2025) Variety identification in the seed certification process, multiplexing of SSR markers to improve the official method in France. 20th Joint Meeting of EPAR 'Bredding and Varietal Assessment' and Eucarpia 'Potatoes', 15-18 Juin, St Andrews, Ecosse, (poster)
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Marhadour S, et al (2024) Identifier les variétés de pommes de terre avec des marqueurs moléculaires. Potato Europe, 11-12 Septembre, Villers Saint-Christophe, France, (poster)
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Marhadour S, et al. (2024) Variety identification in the seed certification process using SSR markers– improvement of the official method in France (Conférence Triennale de l'EAPR, Session 1), 8-12 Juillet, Oslo, Norvège, (poster)
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Marhadour S, et al. (2022) Genetic fingerprints using SSR markers to secure seed potato production in France: method and database improvement. EAPR 2020, Krakow, Poland (exposé preparé pour le congrès EAPR 2020)
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Marhadour, S., et al. (2017). Genetic fingerprints using SSR markers to secure the seed potato production scheme, improvement of the method and database in France. EAPR2017 20th triennial conference. Versailles, France (poster)
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Marhadour S, (2014). Seed potato identification using SSR markers in France: organization, methods and database. 19th triennial conference, EAPR 2014 Brussels (exposé)
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Marhadour, S., et al. (2013). Construction of an online database to improve management of DNA profiles dedicated to cultivar identification of seed potatoes in France. The 17th Joint Meeting of the EAPR Breeding and Varietal Assessment Section & EUCARPIA Section Potatoes, Héviz (poster)
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Marhadour, S., et al. (2011). Potato variety identification using SSR in France and Switzerland. EAPR 2011, the 18th Triennal Conference of the European Association For Potato Research, Oulu, Finland (poster)
Articles LPTF en téléchargement
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Marhadour S (2023) Projet IdEvol, l'identification variétale accélérée. La Pomme de Terre Française, pp 44-45, article disponible ici
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Marhadour S (2021) Projet IdEvol, faciliter le travail des laboratoires. La Pomme de Terre Française, pp 50-51, article disponible ici
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Marhadour, S. and Y. Le Hingrat (2018). Identification variétale, un réseau qui fait évoluer ses pratiques. La Pomme de Terre Française, pp 47-48, article disponible ici
Article décrivant la mise au point de la base de données IdeAle, disponible ici